합의의 권고
인권위원회는 조사중이거나 조사가 끝난 진정에 대하여 사건의 공정한 해결에 필요한 구제조치를 당사자에게 제시하고 합의를 권고할 수 있다. (법 제 40조)
구제조치 및 제도개선의 권고
인권위원회가 진정을 조사한 결과 인권침해나 차별행위가 일어났다고 판단할 때에는 피진정인, 그 소속기관·단체 또는 감독기관 (소속기관 등)의 장에게 조사대상 인권침해나 차별행위의 중지, 원상회복, 손해배상 그 밖의 필요한 구제조치 및 동일 또는 유사한 인권침해나 차별행위의 재발을 방지하기 위하여 필요한 조치 등의 이행 또는 법령·제도·정책·관행의 시정 또는 개선을 권고할 수 있다. (법 제44조 제1항)
고발 및 징계권고
인권위원회는 진정을 조사한 결과 진정의 내용이 범죄행위에 해당하고 이에 대하여 형사처벌이 필요하다고 인정할 때에는 검찰 총장에게 그 내용을 고발할 수 있다. 이 경우에 고발을 받은 검찰총장, 군 참모총장 또는 국방부장관은 고발을 받은 날부터 3개월 이내에 수사를 종료하고 그 결과를 위원회에 통보하여야 한다. 인권 위원회가 진정을 조사한 결과 인권침해가 있다고 인정할 때에는 피진정인 또는 인권침해에 책임이 있는 자에 대한 징계를 소속기관 등의 장에게 권고할 수 있다. 이 경우에 인권위원회로 부터 권고를 받은 소속기관 등의 장은 이를 존중하여야 하며 그 결과를 위원회에 통보하여야 한다. (법 제45조)
수사의뢰
진정의 원인이 된 사실이 범죄행위에 해당한다고 믿을 만한 상당한 이유가 있고 그 혐의자의 도주 또는 증거인멸 등을 방지하거나 증거의 확보를 위하여 필요하다고 인정할 경우에 위원회는 검찰총장 또는 관할수사기관의 장에게 수사의 개시와 필요한 조치를 의뢰할 수 있다. (법 제34조 제1항)
피해자를 위한 법률구조요청
진정에 관한 위원회의 조사, 증거의 확보 또는 피해자의 권리구제를 위하여 필요하다고 인정하는 경우에 위원회는 피해자를 위하여 대한법률구조공단 또는 그 밖의 기관에 법률구조를 요청할 수 있다. (법 제47조)
긴급구제조치의 권고
인권위원회는 진정을 접수한 후 조사대상 인권침해나 차별행위가 계속 중에 있다는 상당한 개연성이 있고, 이를 방치할 경우 회복 하기 어려운 피해발생의 우려가 있다고 인정할 때에는 그 진정에 대한 결정 이전에 진정인이나 피해자의 신청에 의하여 또는 직권 으로 피진정인, 그 소속기관 등의 장에게 의료·급식·피복 등의 제공, 장소·시설·자료 등에 대한 실지조사 및 감정, 시설수용소의 구금 또는 수용장소의 변경, 인권침해나 차별행위의 중지, 공무원 등의 직무로부터의 배제, 그 밖에 피해자의 생명·신체의 안전을 위하여 필요한 사항의 조치를 하도록 권고할 수 있다. (법 제48조)
조정
당사자의 신청 또는 직권에 의해 진정사건을 조정위원회에 회부할 수 있다. 조정위원회는 당사자 또는 관계인의 진술청취 등을 통해 당사자들의 합의가 이루어질 수 있도록 노력한다. 합의가 이루어지지 않는 경우 조정에 갈음하는 결정을 하거나 조정위원회 회부 직전의 조사 또는 심의 절차로 돌아가 진정사건처리를 진행한다. (법 제42조)